A pessoas com acondroplasia comumente desenvolvem estenose espinhal, em que o osso da coluna ou vértebra se forma de tal maneira que o canal espinhal fica comprimido, causando dores nas costas e nas pernas, reduzindo a capacidade de caminhar longas distâncias.⁴ A estenose espinhal pode ser tratada com cirurgia para aliviar a dor e a pressão sobre a medula espinhal.⁵ Os bebês com acondroplasia podem apresentar estenose do forame magno, uma complicação com risco de vida em que a abertura na base do crânio se estreita, pressionando o cérebro ou a medula espinhal, sendo que em alguns casos pode ser necessário cirurgia para correção.⁶

A estenose espinhal é relatada em 80% das pessoas com acondroplasia até os 60 anos de idade ^5-7 e há um risco 6 vezes maior de morte súbita infantil devido à estenose do forame magno.⁷

Mais de 70% dos adultos sofrem de dores crônicas nas costas, mesmo após procedimentos cirúrgicos,^5-7 e 50% sofrem de dor crônica nas pernas até a idade adulta.⁵

Pessoas com acondroplasia podem apresentar infecções recorrentes no ouvido ou perda de audição, podendo precisar de tratamento com aparelhos auditivos.⁸ Além disso, dados do estudo observacional de história natural encontraram 
uma alta prevalência de apneia obstrutiva do sono, em 38,4% dos indivíduos afetados.⁶ Acredita-se que a perda auditiva relacionada à otite média seja um dos principais fatores que contribuem para atrasos posteriores na fala, podendo ter efeitos significativos na comunicação, aprendizado e educação.⁸

Os dados do estudo observacional de história natural mostraram evidências de uma relevante necessidade de intervenções cirúrgicas: quase 80% dos indivíduos passam por pelo menos uma cirurgia relacionada a comorbidades associadas 
à acondroplasia.⁶

Um estudo realizado em adultos com acondroplasia constatou que a mortalidade relacionada a doenças cardíacas entre as idades de 25 a 34 anos era mais de 10 vezes maior do que a população em geral.⁹

Pessoas com acondroplasia têm membros desproporcionalmente curtos, o que prejudica atividades da vida diária, reduzindo a habilidade de alcançar objetos e a altura, e pode levar a um atraso no desenvolvimento de habilidades de autocuidado independentes, como ir ao banheiro,⁹ podendo levar a baixa autoestima.¹⁰ 
Um número considerável de pessoas com acondroplasia apresentam depressão 
e ansiedade não diagnosticadas.¹⁰